La Fédération des Récupérathèques fonctionne en gouvernance partagée et veut favoriser une participation maximale de ces membres dans les choix des orientations stratégiques de l'association.

C'est pour cela que le Conseil d'Administration est composé des administrateur·rice·s issu·e·s des membres adhérents (dont 4 co-président.es ancien.nes de Récupérathèques), mais également des représentant·es des Récupérathèques élus à l'Assemblé Générale.

L'Assemblé Générale est composée de tous les membres : Récupérathèques, Honneurs, Partenaires, Adhérents.